山東省食品發酵工業研究設計院內設機構7個，其中：

食品發酵研究所：負責發酵工程、食品工程領域科研、技術開發及相關技術咨詢等工作；

工程設計所：負責行業技術咨詢服務、工程技術研究與開發、輔助科技成果轉化、學生實習實訓指導等工作；

香精香料研究所：負責煙用香精、食用香精的研發、生產和銷售等工作；

科研管理中心：負責科研計劃、科研成果、成果轉化、合作交流、平臺建設、儀器設備管理、網站建設及產業相關工作；

財務管理中心：負責財務預決算、會計核算、資產管理、內控管理等工作；

綜合辦公室（黨委辦公室）：負責單位文電、會議、機要、保密、檔案、人力資源管理、精神文明建設、黨務、離退休老同志管理、工會、計劃生育、院長辦公會議、黨委會議決定等工作；

物業管理中心：負責房產管理經營、維修、安全保衛、綠化等工作；